Rintisan awal pembentukan lembaga formal pengelola zakat di Aceh dimulai tahun 1973 melalui Keputusan Gubernur Kepala Daerah Istimewa Aceh No. 5/1973 tentang Pembentukan Badan Penertiban Harta Agama (BPHA). BPHA ini kemudian dirubah dalam tahun 1975 menjadi Badan Harta Agama (BHA). Sehubungan dengan adanya Keputusan Bersama Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri tahun 1991 tentang Pembentukan BAZIS (Badan Amil Zakat, Infak dan Shadaqah). Perubahan BHA menjadi BAZIS di Aceh dilakukan dalam tahun 1998, dengan struktur yang agak sedikit berbeda dengan BAZIS didaerah lain secara nasional, yaitu mulai BAZIS Provinsi, Kabupaten/Kota dan Kecamatan. Sedangkan BAZIS Aceh terdiri dari Provinsi, Kabupaten/Kota, Kecamatan dan Gampong/Kelurahan. Perubahan BAZIS menjadi Badan Baitul Mal Prov. NAD dilakukan melalui Keputusan Gubernur No. 18/2003 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Badan Baitul Mal Prov. NAD, yang mulai beroperasi pada bulan Januari 2004